La Cappella Sistina, fu fatta erigere da papa Sisto IV, lo stesso papa che commissionò la Cappella Sistina di Roma. Era la cappella funeraria dedicata ad accogliere il mausoleo dei genitori di Sisto IV e fu completamente rinnovata in stile Roccocò.

La Cappella Sistina è uno dei monumenti più prestigiosi della città di Savona. Come quella di Roma fu voluta dal pontefice savonese Sisto IV che sul finire del suo papato fece trasformare la preesistente sala capitolare del convento francescano in cappella funeraria per i genitori Leonardo Della Rovere e Luchina Monteleone.

Il pittore alessandrino Giovanni Mazone dipinse il ciclo pittorico absidale e il polittico dell’altare – oggi conservato al Petit Palais d’Avignone – e sostituito, nei primi anni dell’ Ottocento, dal trittico di Santino Tagliafichi. La cappella quattrocentesca si presentava come un’austera aula rettangolare con l’abside a base quadrata sormontata da una cupola dipinta a fondo stellato.

Il mausoleo marmoreo era collocato anticamente sul lato sinistro dell’abside. Furono chiamati dal nord Italia gli scultori Giovanni e Michele d’Aria per la grande composizione tripartita: due lesene sorreggono un timpano sigillato al vertice dallo stemma papale e al centro l’elegante sarcofago sormontato dai bassorilievi presenta figure celebrative dei santi Francesco e Antonio che accompagnano i genitori alla presenza del Bambino in grembo alla Vergine.

Il nipote di Sisto IV, Giuliano della Rovere futuro papa Giulio II, commissionò al Mazone la decorazione quattrocentesca alle pareti con affreschi dell’Annunciazione, della Natività e il ciclo dei Re Magi, salvati e spostati in altra sala durante il restauro degli ultimi decenni del secolo scorso.
Negli anni sessanta del ‘700 Francesco Maria, ultimo discendente dei Della Rovere provvide ad un restauro dell’edificio secondo il gusto dell’epoca trasformandolo in una “moderna cappella gentilizia” a pianta ellittica con luminosi finestroni e spostando il monumento funebre nella parete sinistra della navata.
Per la decorazione alle pareti furono chiamate maestranze lombarde che le ricoprirono di stucchi floreali in stile rococò.

La volta pseudo ellittica fu aggiunta al soffitto e affrescata al centro con “Il Mistero della redenzione” da Paolo Gerolamo Brusco. La pianta di rovere sottolinea la celebrazione della famiglia e riprende il tema dello stemma papale presente ai quattro lati della volta.

In controfacciata fu inserita una tribuna d’organo con uno strumento nuovo commissionato nel 1764 a Filippo e Felice Piccaluga e di recente restauro.

La cassa sinuosamente strutturata accresce la scenografica magnificenza della parete soprattutto a portelle spalancate con le canne di facciata in evidenza. Il ruolo della musica viene proiettato in avanti anche attraverso il parapetto ricco di stucchi policromi sui quali si evidenziano vivaci riproduzioni di strumenti musicali.